A fines del siglo XV, Munich sufrió una reactivación del gótico, el antiguo ayuntamiento se amplió. Tuvo un iglesia gótica que ahora es la catedral Frauenkirche, que fue construido durante 20 años. Cuando las ciudad de Baviera y Múnich se unieron en 1506, Munich se convirtió en capital de Baviera. El arte y la política estuvo cada vez más influenciado por el tribunal conformado por Orlando di Lasso, Heinrich Schuetz, Mozart y Richard Wagner.

Durante el siglo XVI, Munich fue el centro alemán, que estuvo en contra de la reforma y del renacimiento de las artes.  La Liga Católica se fundó en Munich en 1609. En los treinta años Guerra, Múnich se convirtió en residencia electoral, cuando Maximilian I era duque de Bavaria. En 1632 la ciudad fue ocupada por Gustavo Adolfo II de Suecia. La ciudad se convirtió en la capital del nuevo Reino de Baviera, con el parlamento del estado el Landta y la nueva archidiócesis de Múnich y Freising.
En 1914, tras el estallido de la Primera Guerra Mundial, la ciudad de Munich pasó por momentos muy difícil, por el bloqueo de Alemania que llevó a la escasez de los alimentos y del combustible.  Durante el bombardeo de Francia, tres bombas cayeron en la ciudad de Munich, después de la guerra, la ciudad fue el centro de la gran  conmoción política.  En noviembre de 1918 en vísperas de la revolución, Ludwig III y su familia huyeron de la ciudad.  Tras el asesinato del premier de Baviera Kurt Eisner, por Anton Graf von Arco-Valley.