Otra exclusividad culinaria es el Altenburger Ziegenkäse, un queso de cabra de los más antiguos y producido en la frontera con Turingia. El Altenburger es una de las cuatro variedades alemanas con denominación de origen definida por la Unión Europea para proteger los productos autóctonos de Europa. Los quesos protegidos por ley son el montañés Allgäuer Bergkäse, el Allgäuer Emmentaler y el Odenwälder Frühstückskäse, este último preferido al desayuno.

Los Sauermilchkäse o cuajadas como el Handkäs mit Musik, queso moldeado con música, es uno especialmente condimentado con cebolla, vinagre, aceite, cominos, sal y pimienta. Pero la música no se escucha cuando se prepara,  sino después de ingerirlo y proviene del estómago de aquel que lo ingiere.

En Wertach, en el puro sur de Alemania, se ofrece incluso un seminario de tres días sobre quesos. En este pueblo se produce el queso Weisslacker, un queso bávaro de aspecto brillante y un tiempo de curación de 12 meses y popularmente conocido como queso de cerveza. Todo porque su alto contenido de sal lo hace el perfecto acompañante de dicha bebida.

Otros típicos quesos del sur son el Weinkäse,  tratado con levadura de vino durante 6 semanas y el Obazda que se acostumbra a comer con pan o Brezel, muy popular durante el Festival de Octubre, en Munich.