Este país entró en la Edad Moderna a partir del amplio movimiento de la Reforma que inició una serie de conflictos armados que finalizaron en 1555 con la paz de Augsburgo. Esta Paz paralizó la reforma y debilitó el imperio al consagrar el principio de Cuius regio, eius religio que sancionaba el poder político de los príncipes en sus Estados.

El movimiento protestante se agrupó en 1609 en torno a la Unión Evangélica, a la que se opuso la Santa Liga del duque de Baviera. Esta polarización condujo poco después a la guerra de los Treinta Años que se extendió desde 1618 a 1648.

La paz de Westfalia en 1648 supuso el triunfo  protestante y la desmembración del imperio en cientos de estados.

Durante el siglo XVIII la hegemonía austríaca se vio amenazada por el engrandecimiento de la Prusia de los Hohenzollern.

Con la Revolución francesa, Alemania sufrió grandes cambios.

En 1806 el emperador de Austria renunció a la corona imperial, con lo que el Sacro Imperio Romano Germánico quedaba definitivamente disuelto.

Se creó entonces la Confederación del Rhin que dominó durante 1806 y 1813, compuesta por cientos Estados alemanes de la orilla derecha de este río.

Se formó a instancias de Napoleón quien lo usó como un instrumento de penetración de la influencia francesa en Alemania.