El fútbol profesional del Bayern está a cargo de la organización Aktiengesellschaft  Bayern y se maneja como una sociedad anónima, es una empresa cuyas acciones no cotizan en la bolsa de valores, por que es de propiedad privada, el  90% es propiedad de Eingetragener Verein  y el 10%  es del fabricante de artículos deportivos Adidas, que también es un importante patrocinador del club.

Adidas adquirió sus acciones en 2002 por 77 millones de euros,  el dinero fue designado para ayudar a financiar el Allianz Arena. El Bayern hace publicidad del principal y actual socio titular de los derechos de la camiseta de Deutsche Telekom.  El principal proveedor del club es Adidas.  Otros socios incluyen la prima de Audi, Coca-Cola, Lufthansa, Nikon, Siemens y Sony Ericsson. En años anteriores los derechos Jersey se celebraron por Adidas  (1974-78),

 Bayern está dirigido principalmente por ex jugadores del club.  El  Presidente club es Franz Beckenbauer, quien también es Presidente del consejo de vigilancia de la AG.  y el Presidente de la junta directiva de la AG es Karl-Heinz Rummenigge y Uli Hoeneß es el vicepresidente de la junta directiva de la AG. Hoeneß ha sido gerente general del club, desde 1979. En 2007-08, el club informó el ingresos récord de 286,8 millones de euros líquidos, pagando un impuestos de 2,1 millones de euros.

El Bayern fue el cuarto club más rico del mundo en 2008,  que generó un  ingresos de  295,3 millones de euros.