Félix Magath se hizo cargo del Bayern de Munich, antes del comienzo de la temporada de la Bundesliga del 2005-06. el Bayern pasó del Estadio Olímpico para el nuevo Allianz Arena, que comparte con el club de Múnich 1860.

En el ámbito de su actuación en 2006-07 fue irregular.  El Bayern perdió  en la copa Alemania Aachen, por segunda vez, el entrenador Magath fue despedido y el ex entrenador del Bayern Ottmar Hitzfeld regresó a Munich en enero de 2007. En la Bundesliga de 2007-08  en el Bayern de Múnich se hicieron cambios drásticos para ayudar a la reconstrucción y reorientación, donde firmaron un total de ocho jugadores nuevos.

El 11 de enero de 2008 Jürgen Klinsmann fue nombrado como el sucesor de Hitzfeld, haciéndose cargo el 1 de julio de 2008. firmando un contrato de dos años.
En la Bundesliga de 2008-09, el Bayern sólo ganó dos partidos, donde perdió 4 a 0 con Leverkusen, siendo eliminado en cuartos de final de la DFB-Pokal.  El 27 de abril, dos días después de una derrota contra los dueños de casa del FC Schalke que vio a la caída de Bayern quedando en el tercer lugar en el cuadro, el entrenador Klinsmann fue despedido, siendo llamado el ex entrenador Jupp Heynckes para hacerse cargo del club.

En la constitución original del club, se acordó los colores blanco y azul, el club jugó  con la camiseta blanca y el pantalón negro hasta 1905, también se decretó que los jugadores tendrían que jugar en pantalones cortos de rojo y blanco, que ha desempeñado en la mayoría de su existencia, en 1969 las camiseta fueron a rayas en azul y blanco y los pantalones y calcetines de color azul, a partir de 1998, el Bayern volvió a su color original.