En 1987, Jupp Heynckes fue contratado como entrenador, pero después de dos campeonatos consecutivos, el Bayern quedó en un  segundo lugar con solo cinco punto. El éxito volvió cuando Franz Beckenbauer se hizo cargo en la mitad de la temporada de 1993-94 ganando el Campeonato de nuevo después de cuatro años.  Beckenbauer fue nombrado presidente del club.

Sus sucesores de Beckenbauer fueron  Giovanni Trapattoni y Otto Rehhagel, quienes  terminaron  después de una temporada, porque no reunieron las grandes expectativas del club. Durante este tiempo los jugadores del Bayern aparece con frecuencia en las páginas de la prensa deportiva, con el apodo  FC Hollywood.  Franz Beckenbauer volvió al final de la temporada de 1995-96 como entrenador y dirigió a su equipo a la victoria en la Copa de la UEFA 1995-96, superando a Burdeos en la final. 

En la temporada de1996-97, Giovanni Trapattoni  regresa como entrenador para ganar el campeonato pero en la siguiente temporada el Bayern perdió el título  con el  FC Kaiserslautern y Trapattoni tuvo que dejar al club por segunda vez.  De 1998 a 2004, el entrenador del Bayern fue Ottmar Hitzfeld, quien hizo ganar  al club la Bundesliga en su primera temporada y estuvo cerca de ganar la Liga de Campeones, perdiendo 2 a 1 con  Manchester United.

En 1999-2000 el Bayern ganó su tercera liga y copa doble, días más tarde, terminó ganando la Liga de Campeones por cuarta vez después de 25 años, derrotando a Valencia. En 2001-02 empezó la temporada con una victoria en la Copa Internacional.  En 2004 el entrenador Hitzfeld deja el club con una derrota en la copa de la segunda división Alemania Aachen.