En 1963, el Oberligas de Alemania se consolidó en una liga nacional, la Bundesliga.  Cinco equipos de la Oberliga  fueron admitidos. El Bayern terminó en tercer lugar en ese año, por que otro equipo de Munich, le ganó el campeonato. Como la DFB prefirió no incluir a dos equipos de una misma ciudad, por eso que el Bayern no fue escogido para la Bundesliga. Después dos años formaron un equipo con jugadores jóvenes como Franz Beckenbauer, Gerd Müller y Sepp Maier que más tarde se denominarán de manera colectiva.

En la primera temporada de la Bundesliga, el Bayern terminó en tercero lugar y también ganó la Copa de Alemania.  Esta calificación sirvió  para que al siguiente año ganaran la Copa de Europa en la final contra el club escocés Rangers, cuando Franz “Toro” Roth anotó el gol de la victoria ganando 1 a 0. En 1967 el Bayern, tiene un nuevo entrenador y Branko Zebec toma el relevo. El Bayern toma un nuevo estilo ofensivo en el juego, con un enfoque más disciplinado logrando la primera liga y la  copa, teniendo doble historia en la Bundesliga, con sólo 13 jugadores.

Después de ganar la copa En 1970, Udo Lattek se hizo cargo y dirigió al Bayern en su tercer campeonato alemán. Y en la 1971-72 jugó contra el Schalke ganando 4 a 0, fue el primer partido jugado en el nuevo Estadio Olímpico, y fue también el primer partido televisado en directo de la Bundesliga. El Schalke venció al  Bayern por 5 goles a 1 y por lo tanto Schalke reclamó el título, también el establecimiento de varios registros, incluidos los puntos ganados y goles marcados.