Once miembros de la división de fútbol dejó la congregación y esa misma tarde se fundó el FC Bayern de Múnich. En pocos meses el FC Bayern de Múnich tuvo alta puntuación logrado sus victorias contra rivales locales que llegó a las semifinales del campeonato del sur de Alemania 1900-01.

 En los años siguientes, el club ganó algunos trofeos y en 1910-11, el Bayern de Múnich se unió a la recién fundada “Kreisliga” que era la primera liga regional bávaro. Ganando  la liga en su primer año, pero no ganó de nuevo hasta el comienzo de la Primera Guerra Mundial en 1914, que interrumpió todas las actividades de fútbol en Alemania. 

En los años siguientes después de la guerra, el FC Bayern de Munich ganó varias competiciones regionales, antes de ganar su primer campeonato del sur de Alemania en 1926, logrando ganar dos años más tarde. Su primer título nacional fue adquirida en 1932, cuando el entrenador Richard Kohn dirigió el equipo al campeonato alemán al derrotar 2-0 a Eintracht de Frankfurt en la final.

  Con la llegada del régimen de Hitler  quien quiso poner fin abrupto al desarrollo del Bayern, ya que el presidente y el entrenador eran judíos para que abandonaran el país. El Bayern fue  recriminado como un club Judio y como un club semi-profesional. Bayern también se vio afectado por que los jugadores tuvieron  que ser de nuevo  aficionados.  En los años siguientes, el Bayern no pudo mantener su papel de combatiente  por el título nacional, A finales de la década de 1950, el club se vino a la quiebra, pero el fabricante Roland Endler aportó con los fondos necesarios y se encargó del club por cuatro años.